Clustertalca:

Características:

Clustertalca es la primera supercomputadora de la escuela de Ingeniería Civil en Bioinformática. En la actualidad esta destinado principalmente para la ejecución de cálculos de simulación molecular usando aplicaciones como NAMD, Desmond (Schrodinger) y Lammps.

El equipo tiene un sistema de colas llamado PBS (Toque) que cumple la labor de organizar, priorizar los trabajos enviados por los usuarios.

Para ejecutar NAMD:

Actualmente se encuentran instaladas las versiones 2.7, 2.8, 2.9, 2.10 todos ubicados en el directorio /share/apps/namd/

Para ejecutar NAMD debe utilizar un archivo pbs tal cual:

#PBS -l nodes=8:ppn=8
#PBS -q talca1
#PBS -l walltime=3:00:00:00
##################################################################
#CONFIG: change this
jobcfg= #INPUT
jobout= #OUTPUT
#END CONFIG
##################################################################
#
# don't touch unless you know what you are doing
cd ${PBS_O_WORKDIR}
numprocs=0
tmpfile=nodelist
cat ${PBS_NODEFILE} | sed -e s/compute/compute-IB/ | sed -e s/$/.ipoib/g > pbsnodefile
rm -f ${tmpfile}
echo group main >> ${tmpfile}
for s in `sort < pbsnodefile  `
do echo "host ${s} ++shell ssh" >> ${tmpfile} ; numprocs=`expr ${numprocs} + 1`; done
:
# NAMD EXECUTION
# NAMD 2.10
#/share/apps/namd/2.10/charmrun /share/apps/namd/2.10/namd2 +p${numprocs}  ++nodelist nodelist ${jobcfg} > ${jobout}
NAMD 2.9
/share/apps/namd/2.9/charmrun /share/apps/namd/2.9/namd2 +p${numprocs}  ++nodelist nodelist ${jobcfg} > ${jobout}
#NAMD 2.8
#/share/apps/namd/2.8/charmrun /share/apps/namd/2.8/namd2 +p${numprocs}  ++nodelist nodelist ${jobcfg} > ${jobout}
#NAMD 2.7
#/share/apps/namd/2.7/charmrun /share/apps/namd/2.7/namd2 +p${numprocs}  ++nodelist nodelist ${jobcfg} > ${jobout}
# preserve exit status and clean up
status=$?
exit ${status}
done

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