Diferencias para "cluster/clustertalca3"

Clustertalca:

Características:

ssh user@ip-servidor

scp fichero.local user@alias-servidor:

Software

El equipo tiene un sistema de colas llamado SLURM que cumple la labor de organizar, priorizar los trabajos enviados por los usuarios.

Namd

La versión instalada es 2.13

Archivo SLURM NAMD

#!/bin/sh
#SBATCH --job-name namd
#SBATCH -o slurm-gpu-job.out
#SBATCH -p defq
#SBATCH --gres=gpu:2
#SBATCH --ntasks=12
#SBATCH --time 36:00:00
#SBATCH --error=error.log
#SBATCH --output=output
# choose version of NAMD to use
# VERSION=2.13
NAMD_DIR=/cm/shared/apps/NAMD/2.13/CUDA

# execute

##################################################################
#CONFIG: change this
jobcfg=<entrada>
jobout=<salida>
#END CONFIG
##################################################################
${NAMD_DIR}/namd2 +idlepoll +p $SLURM_NTASKS ${jobcfg} +isomalloc_sync >& ${jobout}

wait

Descarga el archivo

Importante

Fijarse en las lineas del archivo slurmnamd.sh

#SBATCH --ntasks=32

Esta indica la cantidad de procesadores a utilizar, en este caso se utilizarán 32 procesadores

#SBATCH --gres=gpu:2

Con está linea indica la cantidad de GPU a utilizar, para el caso serían 2

#SBATCH --time 36:00:00

Esta linea indica el tiempo total de ejecución (horas, minutos, segundos) para este caso el tiempo máximo de ejecución es de 36 horas.

jobcfg=<entrada>
jobout=<salida>

La entrada y la salida del trabajo a realizar

NAMD_DIR=/cm/share/apps/NAMD/2.13/CUDA

Esta linea indica la versión de NAMD a utilizar, en este caso seria la 2.13. Otras opciones para utilizar:

• /cm/share/apps/NAMD/2.13/CUDA-ib -> CUDA + Infiniband

• /cm/share/apps/NAMD/2.13/CPU-ib -> NAMD sólo CPU + Infiniband

#SBATCH -w node001

En caso de necesitar distribuir un trabajo en un nodo en particular, agregar la linea anterior en donde node001 referencia al nodo1. Los nodos disponibles van desde node00[1-8]

La ejecución

Una vez editado el archivo slurmnamd.sh procedemos a ejecutar utilizando el comando sbatch

sbatch slurmnamd.sh

Y podemos hacer el seguimiento utilizando el comando squeue

squeue