Diferencias para "cluster/clustertalca3"

Clustertalca:

Características:

ssh user@ip-servidor

scp fichero.local user@alias-servidor:

Software

El equipo tiene un sistema de colas llamado SLURM que cumple la labor de organizar, priorizar los trabajos enviados por los usuarios.

Namd

La versión instalada es 2.13

Archivo SLURM NAMD

#!/bin/sh
#SBATCH --job-name namd
#SBATCH -o slurm-gpu-job.out
#SBATCH -p defq
#SBATCH --gres=gpu:4
#SBATCH --ntasks=12
#SBATCH --time 36:00:00
#SBATCH --error=error.log
#SBATCH --output=output
# choose version of NAMD to use
# VERSION=2.13
NAMD_DIR=/cm/shared/apps/NAMD/2.13/CUDA

# execute

##################################################################
#CONFIG: change this
jobcfg=<entrada>
jobout=<salida>
#END CONFIG
##################################################################
${NAMD_DIR}/namd2 +idlepoll +p $SLURM_NTASKS ${jobcfg} +isomalloc_sync >& ${jobout}

wait

Descarga el archivo

Importante

Fijarse en las lineas del archivo slurmnamd.sh

#SBATCH --ntasks=32

Esta indica la cantidad de procesadores a utilizar, en este caso se utilizarán 32 procesadores

#SBATCH --time 24:00:00

Esta linea indica el tiempo total de ejecución (horas, minutos, segundos) para este caso el tiempo máximo de ejecución es de 24 horas.

jobcfg=<entrada>
jobout=<salida>

La entrada y la salida del trabajo a realizar

NAMD_DIR=/cm/share/apps/NAMD/2.13/CUDA

Esta linea indica la versión de NAMD a utilizar, en este caso seria la 2.12

La ejecución

Una vez editado el archivo slurmnamd.sh procedemos a ejecutar utilizando el comando sbatch

sbatch slurmnamd.sh

Y podemos hacer el seguimiento utilizando el comando squeue

squeue