#!/bin/sh 
#SBATCH --job-name namd
#SBATCH -o slurm-gpu-job.out
#SBATCH -p defq 
#SBATCH --gres=gpu:4
#SBATCH --ntasks=12 
#SBATCH --time 24:00:00
#SBATCH --error=error.log
#SBATCH --output=output
# choose version of NAMD to use
# VERSION=2.13
NAMD_DIR=/cm/shared/apps/NAMD/2.13/CUDA

# execute

##################################################################
#CONFIG: change this
jobcfg=<entrada>
jobout=<salida>
#END CONFIG
##################################################################
${NAMD_DIR}/namd2 +idlepoll +p $SLURM_NTASKS ${jobcfg} +isomalloc_sync >& ${jobout}

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