cluster/clustertalca2

Clustertalca:

Características:

Detalle de equipos.

Clustertalca2 es una supercomputadora perteneciente a la escuela de Ingeniería Civil en Bioinformática de la Universidad de Talca. En la actualidad esta destinado principalmente para la ejecución de cálculos de simulación molecular usando aplicaciones como NAMD.

Acceso

Para lograr acceso primero debe enviar una solicitud al director de Escuela con copia al Administrador de Sistemas de la escuela, en donde se especifíque las razones del requerimiento. Una vez aprobada la generación de la cuenta se le entregarán las credenciales (usuario y contraseña) para la utilización y un par de recomendaciones extras.

Tenga presente que el acceso a esta supercomputadora es mediante el protocolo SSH, pudiendo utilizar tú cliente SSH favorito.

Para el caso se encuentre localizado al interior de la Escuela de Ingeniería Civil en Bioinformática, la forma de conectar sería del siguiente modo:

ssh user@10.1.1.102

Pero si se está fuera de las dependencias de la escuela de Ingeniería en bioinformática, se debe solicitar también el acceso al servidor bioinfo.utalca.cl.

Los pasos para éste caso serían:

ssh user@bioinfo.utalca.cl

Esto dará paso a ingresar al servidor de paso bioinfo.utalca.cl (bioinfo), debiendo "dar el salto" hasta el clustertalca2. Este acción se realiza del mismo modo de cuando se está dentro de la Escuela de Ingeniería Civil en Bioinformática.

Un tip que resultar ser bastante útil en uso de SSH, es la posibilidad de crear un proxy de conexión mediante el protocolo y pudiendo así establecer un puente "directo" entre la máquina interna del centro (clustertalca2) y la máquina externa (máquina personal).

Para lograr está acción se debe editar el archivo configuración local de SSH ~/.ssh/config (Linux - OSX) e insertar lo siguiente:

Host clustertalca2
  user <tu-usuario-cluster>
  hostname 10.1.1.102
  proxycommand ssh tu-usuario-bioinfo@bioinfo.utalca.cl nc %h %p 2> /dev/null

Esto posiblemente facilitará la experiencia de uso y conectividad al centro de cómputo.

Un ejemplo de conexión:

user@clustertalca2

Siendo siempre el destino la referencia o parámetro que le hemos dado al tag Host en la configuración anterior.

Ahora, en caso de necesitar realizar un copiado de datos mediante scp solo se tendría que hacer:

scp fichero.local user@clustertalca2:

No olvidar que después del dos puntos (:) va en referencia al directorio personal ($HOME) del usuario.

Software

El equipo tiene un sistema de colas llamado PBS (Toque) que cumple la labor de organizar, priorizar los trabajos enviados por los usuarios.

El equipo tiene un sistema de colas llamado SLURM que cumple la labor de organizar, priorizar los trabajos enviados por los usuarios.

NAMD

Actualmente se encuentran instaladas las versiones 2.9, 2.10, 2.11, 2.12 todos ubicados en el directorio /share/apps/namd/

Archivo PBS NAMD

Para ejecutar NAMD debe utilizar un archivo pbs tal cual:

#PBS -l nodes=4:ppn=16
#PBS -q talca1
#PBS -l walltime=3:00:00:00

##################################################################
#CONFIG: change this
jobcfg=01_Equil.namd #INPUT
jobout=01_Equil.out #OUTPUT
#END CONFIG
##################################################################
#
# don't touch unless you know what you are doing
cd ${PBS_O_WORKDIR}

numprocs=0
tmpfile=nodelist

cat ${PBS_NODEFILE} | sed -e s/$/.ibnet/g > pbsnodefile


rm -f ${tmpfile}
echo group main >> ${tmpfile}
for s in `sort < pbsnodefile  `
do echo "host ${s} ++shell ssh" >> ${tmpfile} ; numprocs=`expr ${numprocs} + 1`; done
:

# NAMD EXECUTION
# NAMD 2.12
#/share/apps/namd/2.12/charmrun /share/apps/namd/2.12/namd2 +p${numprocs}  ++nodelist nodelist ${jobcfg} > ${jobout}
# NAMD 2.11
#/share/apps/namd/2.11/charmrun /share/apps/namd/2.11/namd2 +p${numprocs}  ++nodelist nodelist ${jobcfg} > ${jobout}
# NAMD 2.10
/share/apps/namd/2.10/charmrun /share/apps/namd/2.10/namd2 +p${numprocs}  ++nodelist nodelist ${jobcfg} > ${jobout}
#NAMD 2.9
#/share/apps/namd/2.9/charmrun /share/apps/namd/2.9/namd2 +p${numprocs}  ++nodelist nodelist ${jobcfg} > ${jobout}

# preserve exit status and clean up
status=$?
exit ${status}
done

Descargar fichero

Se recomienda utilizar la versión >=2.10.

Importante

Fijarse en las lineas del archivo NAMD.pbs

#PBS -l nodes=4:ppn=16

Esta indica la cantidad de nodos a utilizar (nodes) y procesadores por nodo (ppn) para este caso se utilizarán 4 nodos con 16 procesadores dando un total de uso de 64 procesadores para procesamiento en paralelo.

#PBS -l walltime=3:00:00:00

Esta linea indica el tiempo total de ejecución (dia, horas, minutos, segundos) para este caso el tiempo máximo de ejecución es de 3 días.

jobcfg= #INPUT
jobout= #OUTPUT

La entrada y la salida del trabajo a realizar

# NAMD EXECUTION
# NAMD 2.12
/share/apps/namd/2.12/charmrun /share/apps/namd/2.12/namd2 +p${numprocs}  ++nodelist nodelist ${jobcfg} > ${jobout}
# NAMD 2.11
#/share/apps/namd/2.11/charmrun /share/apps/namd/2.11/namd2 +p${numprocs}  ++nodelist nodelist ${jobcfg} > ${jobout}
# NAMD 2.10
/share/apps/namd/2.10/charmrun /share/apps/namd/2.10/namd2 +p${numprocs}  ++nodelist nodelist ${jobcfg} > ${jobout}
# NAMD 2.9
#/share/apps/namd/2.9/charmrun /share/apps/namd/2.9/namd2 +p${numprocs}  ++nodelist nodelist ${jobcfg} > ${jobout}

La anterior refiere a la versión de NAMD a utilizar, para el caso será 2.9, fijarse que al inicio de cada linea existe un # que indica que la linea está comentada u omitida, por lo que el gestor de colas obviará la linea con ese símbolo.

La ejecución

Una vez editado el archivo NAMD.pbs procedemos a ejecutar utilizando el comando qsub

qsub NAMD.pbs

Y podemos hacer el seguimiento utilizando el comando showq

showq